如果拼多多店铺受到了三级惩罚并且希望退店，建议自己主动申请退店。

自己主动申请退店可以按照平台提供的流程进行操作，并且有机会与平台客服沟通解决问题。如果等待官方关闭店铺，可能会面临更长时间的处罚和限制，而且无法主动解决问题。在申请退店之前，需要仔细阅读平台的相关规定和要求，确保自己符合退店条件，如店铺订单已全部完成、不存在未解决的纠纷等。同时，也需要准备好相关的证明文件和资料，以便在申请退店时提供。