拼多多商家退款扣除手续费是为了平衡退款服务所产生的成本以及一定的经济利益。

以下是几个可能的原因：

1. 平台运营成本：拼多多需要投入大量资源用于维护和管理退款流程，包括系统开发、人员培训、客服支持等。扣除手续费能够部分抵消这些成本。

2. 防止滥用退款：如果退款没有手续费，商家可能会滥用退款流程，频繁地申请退款甚至虚构交易。扣除手续费能够减少滥用行为。

3. 平衡经济利益：平台和商家之间有一定的经济合作关系，通过扣除手续费，平台能够从退款中获取一部分经济利益，保证平台的可持续运营。需要注意的是，不同的平台可能有不同的退款政策和手续费设置，具体情况可能会有所不同。