淘宝618商家扣费的方式主要依赖于跨店满减机制，具体规则如下：

1. 跨店满减适用范围：参与淘宝618活动的商家设置的跨店满减优惠可以用于抵扣店内商品费用。

满减优惠仅适用于商品价格费用，不包括运费、服务费等非商品价格费用。

2. 使用条件：跨店满减要求满足特定的满减条件，即“全XX减XX”的形式，才能在单店使用时扣除对应金额。如果多个店铺的满减档位相同，顾客可以跨店凑单使用满减优惠，系统将根据商品金额比例进行分摊。

3. 不适用的商品：虚拟商品、生活服务以及特殊贸易定制商品不适用跨店满减优惠。

4. 系统操作：系统会自动按照商品金额比例进行分摊，确保满减优惠的正确应用。通过上述机制，淘宝618活动确保了商家能够以一种公平和透明的方式应用跨店满减优惠，同时也保护了消费者权益，避免了不必要的误解或纠纷。