网店精灵和店小秘的区别如下：功能不同：网店精灵主要提供商品管理、订单管理、客户管理、营销推广等功能；店小秘则主要提供订单管理、库存管理、商品管理、财务管理等功能。

服务范围不同：网店精灵主要服务于跨境电商的ERP软件；店小秘已对接8个跨境电商平台，而且所有基础功能是永久免费使用的。此外，两者在操作流程、系统要求等方面也存在差异。具体选择哪个软件，需要根据店铺的实际需求和预算来决定。